控制器可以选择多种收费方式（计水、计电、水电双计、计时），每台控制器都有自己的设备地址，用户持卡刷卡浇地，控制器能够自动计量并显示机井的总用电量、机井的总取水量、年取水量、瞬时流量、当前水位以及箱门开关状态、供电状态、用户余额状态、遥控状态、电表工作状态等，还可扩展监测水泵三相电流电压、土壤水分、管道压力等。用户第一次刷卡打开水泵，同时卡内数据转移到控制器上，而且控制器自动把用户的刷卡开泵信息通过无线方式上报给计算机，第二次刷卡关闭水泵，同时取走数据（即控制器上的计量数据转移到用户卡内），而且控制器自动把用户的刷卡关泵信息通过无线方式上报给计算机，用户刷卡开关泵时形成的刷卡记录自动存储在控制器内，便于丢卡用户查询数据，补卡使用。当控制器上的余额递减到0时，自动停泵，用户需再次刷卡取走数据，其它用户才能继续用水。一个区域内的用户卡只能在本区域刷卡用水，不能到另一个区域用水。当发生故障（或报警）时，控制器主动把故障（或报警）信息上报给监控中心。当水井的年取水量超过所设的开采量时，控制器自动控制停泵。控制器具有定时上报功能，定时上报间隔可以设置。
农田灌溉智能取水控制系统由计算机（服务器）、智能井房、机井智能管理机、流量计、IC卡和无线传输网络等组成。在每个区域（村、组）所管辖的机井上方安装一个智能井房，每个农户发一张机井灌溉射频卡，每个村配置一台机井智能管理机（或计算机），负责为本村农户的IC卡充值。智能井房通过无线方式和监控中心通讯，定时把相关数据，包括机井的总用电量、总取水量、年取水量、瞬时流量、当前水位以及箱门开关状态、供电状态、用户余额状态、遥控状态、电表工作状态等上报到监控管理系统数据中心。农户在浇地前必须先持IC卡充值，然后刷卡浇地，浇地完成后再次刷卡即可关闭水泵，取走卡内余额，在本次浇地过程中用了多少电（水）费，就自动从农户卡内扣除多少，卡内余额用完，自动停泵，一台智能井房控制器可以供多个农户（轮流）使用。农田灌溉智能取水控制系统为农业灌溉用水的监测管理、收费提供了现代化的手段，彻底改变了以往落后的管理方式，也彻底改变了农户的用水观念，还可以有效保证计划用水、节约用水目标的实现，具有良好的社会效益和经济效益。